Podatnicy, którzy prowadzą działalność badawczo-rozwojową i ponoszą związane z nią koszty, które można uznać za koszty kwalifikowane na potrzeby ulgi B+R, mogą je rozliczać, po spełnieniu określonych warunków. Wysokość kosztów podlegających odliczeniu ustala się na podstawie prowadzonej ewidencji rachunkowej. W dokumentacji należy wskazać, jakie koszty i w jakiej wysokości zostały poniesione na cele badawczo-rozwojowe.
W sytuacji, gdy podatnik poniósł koszty na działalność badawczo-rozwojową oraz koszty na działalność badawczo-rozwojową stanowią dla podatnika koszty uzyskania przychodów w rozumieniu ustawy PIT i CIT, a jednocześnie mieszczą się w zamkniętym katalogu kosztów kwalifikowanych określonych przepisami ustawy PIT i CIT, należy ustalić wysokość przysługującego limitu odliczenia odrębnie dla każdej kategorii kosztów kwalifikowanych. Po tym jak podatnik ustali kwotę przysługującej mu ulgi B+R, koszty kwalifikowane odlicza się w zeznaniu składanym za rok podatkowy, w którym poniesiono te koszty.
W sytuacji jednak, gdy podatnik podniósł za rok podatkowy stratę albo wielkość dochodu podatnika jest niższa od kwoty przysługujących mu odliczeń, istnieje możliwość dokonania odliczenia w zeznaniach za kolejne lata podatkowe. W szczególności, odliczenie jest możliwe w którymkolwiek z kolejnych 6 następujących po sobie lat podatkowych.
Odliczenie kosztów kwalifikowanych deklaruje się szczegółowo w załączniku do zeznania rocznego – w formularzu odpowiednio PIT-BR lub CIT-BR. Trzeba w nim wskazać wysokość poniesionych kosztów kwalifikowanych wg rodzaju.
Kwota odliczenia kosztów poniesionych na działalność badawczo-rozwojową nie może przekroczyć w roku podatkowym kwoty dochodu (tj. przychodu pomniejszonego o koszty uzyskania przychodu), uzyskanego przez podatnika z tytułu pozarolniczej działalności gospodarczej.